Код: 294217

Назва:

Біоінформатика / Bioinformatics (англ.мовою)

Анотація: The course is aimed for students of bachelor degree program in biology to investigate a power of computer technologies for the analysis of biological data by exploring modern bioinformatics resources (on-line sequence databases, tools and algorithms). From this course, students will learn how to deal with many questions in modern biology, which could not be solved without computational approaches. The course covers such topics as sequence DNA and protein alignment (pairwise and multiple), phylogenetics, analysis of data from gene expression, selection analysis and metagenomics. It focuses on practical tasks with biological sequences using appropriate bioinformatics on-line and off-line tools: BLAST, MAFFT, DIALIGN, MEGA, Datamonkey, Mockler-jbrowse, etc.

Тип дисципліни: вибіркова.

Рік навчання: 4

Семестр: весняний.

Кількість кредитів: 4.

Форма контролю: залік

Викладач(і): Шпильчин В.В., кандидат біологічних наук, ст. викладач

Результати навчання: To teach students fundamental basis, principles and possibilities of bioinformatics; to teach students finding relevant information, evaluate it critically and apply obtained knowledge for solving practical problems; give students practical skills of working with the most appropriate tools for the analysis of biological data by exploring bioinformatics resources; to teach students interpreting and analyzing the experimental data using bioinformatics tools

Спосіб навчання: аудиторний.

Необхідні обовязкові попередні й супутні модулі: "Основи інформатики", "Вступ до спеціальності", "Біохімія", "Генетика", "Молекулярна біологія"

Зміст дисципліни: 1. What is bioinformatics? Exploration of online resource NCBI. 2. The Basic Local Alignment and Search Tool (BLAST) (part 1). 3. The Basic Local Alignment and Search Tool (BLAST) (part 2). 4. Synteny, genome comparison and browsing. 5. Multiple sequence alignment (MSA). 6. Phylogenetics 7. Selection Analysis.


Рекомендована література: 1. Jin Xiong, Essential Bioinformatics, Cambridge University Press, 2006.
1. Meyer, F., D. Paarmann, M. D'Souza, et al. 2008. The metagenomics RAST server - a public resource for the automatic phylogenetic and functional analysis of metagenomes. BMC Bioinformatics 9:386
2. Nakano M, Nobuta K, Vemaraju K, et al. 2006. Plant MPSS databases: signature-based transcriptional resources for analyses of mRNA and small RNA. Nucleic Acids Research 34:D731-5.
3. Diana Marco, Metagenomics: Theory, Methods and Applications, 2010, Universidad Nacional de Cordoba, Argentina
4. K Tamura, J Dudley, M Nei, S Kumar (2007) MEGA4: Molecular Evolutionary Genetics Analysis (MEGA) software version 4.0. Mol Biol Evol. 24(8):1596-9.


Форми та методи навчання: семінарські (20 год.) та практичні заняття (20 год.), самостійна робота (80 год.).

Методи й критерії оцінювання: рейтингове оцінювання за 100-бальною системою: поточний контроль - 70 балів (виконання практичних завдань на лабораторних роботах, захист лабораторних робіт і проміжні тести); підсумковий контроль - 30 балів (залік).

Мова навчання: українська.