Наукова робота в НаУКМА виконується не лише на всіх  кафедрах, але й в окремих наукових підрозділах: інститутах, центрах, лабораторіях. Окремі наукові структури часто  мають міждисциплінарний характер, залучають до досліджень представників різних кафедр чи факультетів,  а також представників інших наукових чи освітніх інституцій, органів державного управління, провадять міжнародну співпрацю.  До роботи в наукових центрах  активно долучаються й студенти та аспіранти НаУКМА.  Наукові структури НаУКМА активно провадять ґрантову діяльність, публікують результати досліджень, організовують і беруть участь у наукових форумах різних рівнів, долучаються до проектів, що відповідають їхнім інтересам і статутним завданням. Аналітичні центри НаУКМА виконують важливу "третю місію" університету: вплив на публічну політику та розвиток суспільства, незалежний голос, який перекладає дослідження зрозумілою та доступною і для політики, і громадськості мовою.

Зразок типового положення про центр.

Перелік наукових центрів (станом на 1.06.2022)

Центр ім. Жана Моне з європейських студій
Інститут німецького права

Києво-Могилянський Центр мови, культури та суспільства «Політея»

Центр безпекових і суспільних студій

Центр дослідження проблем верховенства права
Центр дослідження геноциду та прав людини

Центр інноваційних методик правничої освіти